Em Metal slug 6 o General Mordem e os seus planos foram novamente frustrados pelo esquadrão peregrino mas ele se reune com os alienígenas pra tentar mas uma vez mais uma nova raça alienígenas ameaça a humanidade e os marcianos .Agora pela primeira vez as forças rebeldes do General Mordem e os alienígenas marcianos junto ao falcão peregrino se reunem pra derrotar a nova ameaça.
